1406年(太宗6年)に昌徳宮の北側に後苑を造成し、1463年(世祖9年)に後苑の規模を拡大して、政治空間と生活空間の調和を図った。昌徳宮は1592年(宣祖25年)に壬辰倭乱（文禄の役）の際に焼失したが、1610年(光海君2年)に宮殿のうち最初に再建された。それ以来、1867年に景福宮が再建されるまでの約270年間、歴代王の多くは昌徳宮の方をより頻繁に使用していたため、事実上の法宮(正宮)の役割を果たした。仁祖代から純祖代にいたるまで、玉流川、奎章閣、宙合楼、愛蓮池、倚斗閤、演慶堂などが建てられ、1847年(憲宗13年)には楽善斎区域が造成されるなど、昌徳宮の範囲は次第に広がっていった。

昌徳宮は昌慶宮との境界がなく「東闕」という別名で呼ばれていた。他の宮殿に比べて人工的な構造に従わず、周辺の地形と調和するよう自然に沿って建てられたことから、最も韓国的な宮殿と評価されている。

特に、大韓帝国2代皇帝の純宗は即位してから昌徳宮で暮らし、ここで生涯を終えた。大造殿の付属建物である興福軒は1910年に庚戌国恥（大韓帝国が日本に統治権を奪われたこと）が決定された悲運の場所でもある。植民地支配からの解放後、大韓帝国最後の皇室家族(純宗の皇后である純貞皇后、懿愍皇太子妃(李方子女史)、徳恵翁主)が生活し、生涯を終えた場所でもある。