后于1483年（成宗十四年），成宗为奉养三位大妃（世祖的王妃贞熹王后、德宗的王妃昭惠王后、睿宗的王妃安顺王后），大规模扩建寿康宫，并更名为“昌庆宫”。昌庆宫和昌德宫没有边界，同属于东阙区域，主要用作王室家族的生活空间。1592年（宣祖二十五年），昌庆宫因壬辰倭乱而被毁，后于1616年（光海八年）重建，1830年（纯祖三十年）大部分建筑被大火烧毁，4年后进行了重建。

但是1907年纯宗登上皇位后，日帝在昌庆宫内建造了动物园和植物园，就开始失去宫殿的职能。1911年，宫殿的名称被日帝降格为“昌庆苑”，宫殿逐渐变成公园，遭到了严重破坏。光复后，名称重新恢复成昌庆宫，宫殿内的动物园迁址的同时，正式启动宫殿复原工程，这才有了如今的面貌。与其他朝南的宫殿不同，昌庆宫的正门和正殿均朝东。